Tras la caída de Roma, aquel vicus sobrevivió un tiempo más, hasta quedar despoblado con la llegada musulmana. En el siglo XII, las tierras volvieron a ocuparse, esta vez algo más al sur, en torno a un manantial que dio nombre al nuevo poblado: Fuente de Domingo Pérez, en honor a su fundador, ayo de la infanta Beatriz, hija de Alfonso X.
Algo más de un siglo después, en 1305, el señorío de estas tierras recayó en uno de los hombres más poderosos del reino: don Juan Manuel, nieto y sobrino de reyes, autor del célebre Conde Lucanor. Le gustaba cazar halcones, ánades y grullas por el arroyo de la Fuente. Pero le gustaba más la estrategia. Decidió reforzar el castillo de Almenara y, para apoyarlo, fundar a su pie una nueva villa.
Así, el sábado 22 de marzo de 1332, se presentó en Fuente de Domingo Pérez con todo su séquito, sus escribanos y su parafernalia. Allí mismo, rubricó el documento fundacional de la nueva puebla.
Por façer bien e merçed a todos aquellos que viniesen a morar en su nueva puebla, cerca del castillo de Almenara en la Sierra de Javamenia…
Carta Puebla de Almenara · 22 de marzo de 1332
A cambio de poblar el nuevo lugar, los vecinos recibían tierras, autogobierno parcial y exenciones fiscales: quedaban libres de pechos, pedidos, ayudas y martiniegas. Podían elegir sus propios alcaldes y jueces, y compartir pastos con Alarcón. Solo debían pagar el diezmo y la moneda forera cada siete años.
El documento fue confirmado por Enrique II en 1369 y por Enrique III en 1395. Mientras Almenara crecía, Fuente de Domingo Pérez —despojada de buena parte de sus tierras y pastos— languideció hasta desaparecer un siglo más tarde, dejando solo el nombre de la advocación de su iglesia: San Clemente.